وقتی سیستم ایمنی بدن فردی علیه سلول‌های سالم خودش حمله کند، بیماری خودایمن ایجاد می‌شود. بیماریهای خودایمن نتیجه چند عامل از جمله ژنتیک، تنظیم ایمنی و عوامل محیطی هستند. بیشتر درمان‌های فعلی بیماریهای خودایمن بر استفاده از داروهای سرکوب یا تنظیم کننده ایمنی متمرکز شده است. با اینحال بسیاری از این داروها در کنترل بیماری ناتوانند و گاهی عوارض شدیدی به همراه دارند.
پس از موفقیت پیوند مغز استخوان در درمان سرطان خون، برخی محققان تاثیر این روش در درمان موارد شدید بیماری خودایمن را نیز مطرح کردند. با معرفی سلول‌های بنیادی مزانشیمی و خواص تنظیم ایمنی این سلول‌ها، تحقیقات اخیر نشان دهنده کنترل بیماری پس از تزریق موضعی یا وریدی سلول‌های بنیادی مزانشیمی است. معمولا از سلول‌های بنیادی مزانشیمی مشتق از مغز استخوان، چربی و یا خون بند ناف برای درمان بیماریهای خودایمن استفاده می شود.
در حال حاضر محققین پژوهشگاه رویان چندین طرح تحقیقاتی بالینی برای درمان بیماریهای خودایمن نظیر MS، پسوریازیس، لوپوس کلیوی و درگیری مفاصل در آرتریت روماتوئید انجام داده اند.
